近期,国际学术期刊《Journal of Advanced Research》(影响因子 17.1,中科院一区 Top)刊载了由中国医学科学院肿瘤医院/国家癌症中心李勇教授团队、中国科学技术大学附属第一医院(安徽省立医院)梅新宇教授团队、山西省肿瘤医院与鹍远生物等联合完成的重要研究成果[1]:"Development and Multicenter Validation of a cfDNA Methylation-Based PCR Assay (myESCAP) with Machine-Learning Prediction for Non-Invasive Detection of Esophageal Cancer(基于 mGuard®技术的cfDNA 甲基化的 PCR 检测技术 myESCAP 结合机器学习预测用于食管癌无创检测的开发与多中心验证)"。该研究开发了一种名为 myESCAP 的血液甲基化 PCR 检测技术,仅需一管血、采用常规荧光 PCR 平台,即可实现食管癌的无创判别,为食管癌筛查与早期诊断提供了低成本、易推广的新方案。
【背景】
食管癌是我国高发、高死的恶性肿瘤。全球约 44% 的新发食管癌病例发生在中国,在我国全部恶性肿瘤中,食管癌的发病率和死亡率分别位居第七位和第五位。更关键的是预后鸿沟:早期(0–II 期)食管癌五年生存率约 44%,而晚期(III–IV 期)骤降至约 13%;但现实中仅约 20% 的患者能在 I 期或更早被确诊。
诊断手段的局限是核心瓶颈。内镜镜是金标准,但属侵入性检查,患者接受度低,且高度依赖内镜医师的经验与设备条件——而这恰恰是食管癌高发的基层和欠发达地区最欠缺的资源。CT 等影像学方法对微小病灶和早期病变的敏感性不足。传统血清肿瘤标志物(SCC-Ag、CEA)灵敏度同样无法满足早筛需求。因此,临床上迫切需要一种高灵敏度、高特异性、低成本和易普及的血液检测工具。
【研究脉络】
本研究是一项多中心、回顾性病例对照研究 (图1)。研究团队首先从既往 PanSeer®多癌种靶向甲基化测序数据中,筛选出 11 个能稳健区分食管癌来源循环肿瘤 DNA(ctDNA)与非恶性对照 cfDNA 的甲基化标志物;针对这些标志物设计特异性 TaqMan 探针,并引入 mGuard®技术以放大血浆中微量的甲基化信号,最终构建成 myESCAP 检测体系。
在建模环节,研究团队刻意采用了六种主流机器学习算法——广义线性模型(GLM)、K 近邻(KNN)、C5.0 决策树、梯度提升机(GBM)、随机森林(RF)和支持向量机(SVM)——独立建模,并通过重复 10 折交叉验证(N=20)训练,以验证检测信号的稳健性不依赖于某一种特定算法。
研究共纳入 489 例食管癌患者(含高级别上皮内瘤变)和 555 例非恶性对照(良性食管/胃疾病患者及无症状个体),来自中国西北、华北、华东三个食管癌高发区域,训练集与验证集分别独立设置。
图1. 研究设计。
【研究设计】
第一阶段:标志物筛选与 PCR 体系建立。 从 PanSeer® 面板中选出 11 个食管癌特异性甲基化标志物,设计靶向差异甲基化 CpG 位点的 TaqMan 探针,并 利用mGuard®技术以应对血浆 DNA 丰度极低的问题。
第二阶段:模型训练与验证。 采用倾向性评分匹配(PSM)平衡年龄与性别后,以 347 例食管癌和 349 例非恶性对照训练六种机器学习模型;在 142 例食管癌和 206 例非恶性对照的独立验证队列中评估泛化能力。
第三阶段:分层性能评估。 按临床分期(HGIN、0 期及 I–IV 期)分析灵敏度变化趋势。
图2. 图文摘要。
【结果】
1. 全部 11 个标志物均展现显著差异甲基化
PCR 分析显示,11 个标志物在食管癌 ctDNA 与非恶性 ctDNA 之间均存在显著差异甲基化,校正后 p 值范围为 5.8×10⁻³ 至 3.1×10⁻⁸⁸(图3,Wilcoxon 秩和检验)。以 Ct 值作为预测变量,单个标志物的 AUC 最高可达 0.79。其中 PRDM14(已知癌基因)、CHFR(抑癌基因)、SEPTIN9 与 SHOX2(已知肿瘤标志物)等基因相关位点,提示这些标志物具有明确的生物学功能基础。
图3. 火山图和ROC曲线图显示本研究中“非恶性”对照组(患有良性食管/胃部疾病的患者及无症状个体)与“恶性”(EC)病例的标记物 1–11 的 Ct 值分布。
2. 六种模型性能高度一致,训练与验证队列稳定
训练队列中,六种模型的平均 AUC 为 0.835,平均灵敏度 76.13%,平均特异性 90.88% (图4)。验证队列中,平均 AUC 为 0.823,平均灵敏度 75.59%,平均特异性 89.00%。六种模型之间 AUC 无统计学差异(最高 GBM 0.839,最低 KNN 0.802),且五种模型(C50、GLM、GBM、KNN、SVM)在验证集上较训练集无显著性能衰减(DeLong 检验,均 p > 0.05)。
图4. myESCAP 中六种机器学习模型(C50、GLM、 KNN 、 GBM 、RF 和 SVM)在训练集和验证集中的性能。
这一点是本研究最具说服力的部分:检测性能不因算法选择而大幅波动,说明 myESCAP 捕捉到的是真实的生物学信号,而非模型过拟合的产物。
3. 灵敏度随分期递进上升
训练队列中,灵敏度随分期推进而上升:HGIN 与 0 期平均 31.33%,I 期 60.39%,II 期 81.69%,III 期 84.32%,IV 期 96.83% (图5)。验证队列同样保持这一趋势,晚期(III–IV 期)平均灵敏度达 91.67%。这与"肿瘤负荷越大、释放入血的 ctDNA 越多"的生物学规律一致。
图5. C50(A)、 GBM (B)、 GBM (C)、 KNN (D)、RF(E)和 SVM (F)在训练集和验证集中按临床分期(例如, HGIN 和 I–IV 期)分层后的 EC 检测敏感性。
4. 早期检出仍是核心挑战
研究如实报告了短板:验证队列中 I 期食管癌的平均灵敏度为 47.2%,HGIN/0 期/I 期合并计算为 39.58%,低于训练队列的 52.66%。这反映出早期病灶释放的 ctDNA 极其微量,是当前技术平台面临的共性难题,也明确了下一步优化方向——精简标志物面板、提升早期富集能力。
【小结】
本研究成功开发并多中心验证了 myESCAP——一种基于 mGuard®技术的食管癌无创检测技术。在 1,044 例大样本、跨三个食管癌高发区域的多中心队列中,六种机器学习模型均表现稳定,验证集平均 AUC 0.823、特异性约 90%。
研究的价值不仅在于一个检测产品,更在于提供了一条务实的技术路径:以"血液初筛—阳性者内镜确诊"的分流策略,有望在不增加内镜资源压力的前提下,扩大高危人群的筛查覆盖。研究团队也明确指出下一步方向——精简标志物面板至 2–3 个、优化早期灵敏度、并开展前瞻性队列验证。这些工作,正是推动食管癌早诊技术真正落地临床的必经之路。
【关于鹍远生物】
自2014年成立,鹍远生物作为基于DNA甲基化的肿瘤分子检测领域的领军企业,凭借专有的基于DNA甲基化的技术平台、全面的产品组合及策略性商业化模式,致力于革新从高发癌症的早期检测、早期诊断、复发预测及复发监测的整个癌症诊疗周期。
鹍远生物拥有丰富的产品管线,覆盖多癌种、结直肠癌、肝癌、胃癌、食管癌、胰腺癌等。2024 年 5 月,其自主研发的常艾克®获得国家药品监督管理局(NMPA)三类医疗器械注册证;2023 年 5 月,胰腺癌早检技术 PDACatch 获美国食品药品监督管理局(FDA)突破性医疗器械认定;在多癌早检领域,自主研发的消化系统五癌血液多基因甲基化检测技术 GutSeer®已于 2024 年获欧盟 CE 认证。公司将继续致力于开发创新可靠的癌症精准检测产品,推动癌症精准医疗领域的发展。
鹍远生物致力于构建开放多元的"产学研医检"协同创新生态,承担了国家级重大科研项目课题,牵头起草了多个重要行业标准,并与国内外顶尖学术机构、医院及药企开展了广泛合作,推动肿瘤早筛及液体活检领域的科学研究、临床实践及应用转化,已成长为全球肿瘤早筛和液体活检领域的领军企业。
【参考文献】
[1] Wang X., Wang Z., Qi L., Shuang Z., et al. Development and Multicenter Validation of a cfDNA Methylation-Based PCR Assay (myESCAP) with Machine-Learning Prediction for Non-Invasive Detection of Esophageal Cancer. Journal of Advanced Research, 2026.
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